Biotopkartering innebär att man går igenom vattendraget systematiskt. Man fotograferar, noterar och skriver upp hur vattendraget med dess kantzoner är utformade. Man noterar strukturelement som kulvert, trummor, broar, vandringshinder, vattendragsrensningar, meandringar, inflöden, lek och uppväxtområden, mm. Allt enligt Jönköpingsmodellen.